国家基因库生物多样性资源样本库
  • 2011年01月,国家发改委批复同意深圳依托华大基因研究院组建深圳国家基因库。基因库基地位于深圳市大鹏新区大鹏街道下沙片区“禾塘仔”地块,一期建筑面积47500平方米。目前已实现1000万份可溯源性生物样本的存储能力,已存储生物多样性资源样本,包括动植微生物标本、组织、活体、种子,以及实体的DNA、RNA、蛋白质和小分子样本等约41万份。

样本类型
分类阶元:科

样本总量:416379

项目应用
  • Millet DataBase

    项目简介:2014年, 华大基因研究院成立华大优选部门,第一个食品就是小米,通过采集全国五大产区25个产地及不同品种的样本进行小米营养物质的检测分析,优选出现在的优选小米。2012年5月,由深圳华大基因研究院和张家口市农业科学院等单位合作完成的谷子基因组研究成果,于国际著名杂志《自然-生物技术》上发表。目前已收集谷子样本2540份,有测序数据样本2489份,已测序数据量380.91G。

    期刊文献:Jia, G., et al. "A haplotype map of genomic variations and genome-wide association studies of agronomic traits in foxtail millet (Setaria italica).." Nature Genetics 45.8(2013):957-961. Zhang, G., et al. "Genome sequence of foxtail millet(Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential." Nature Biotechnology 30.6(2012).

    专利发明:

    主要参加机构:华大基因研究院,华大农业,华大优选,国家基因库,联合国粮农机构。

    资助来源:

    更多信息:

  • B10K

    项目简介:The Bird 10,000 genomes (B10K) project is an initiative to generate representative draft genome sequences from all extant bird species within the next five years. 该国际团队已完成对鸟类所有目级别代表性物种基因组解读并发表了一系列重大成就

    期刊文献:G. Zhang et al. "Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation." Science 346.6215 (2014): 1311-1320. DOI: 10.1126/science.1251385 E. D. Jarvis et al. "Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds." Science 346.6215 (2014): 1320-1331. DOI: 10.1126/science.1253451 A. R. Pfenning et al. "Convergent transcriptional specializations in the brains of humans and song-learning birds." Science 346.6215 (2014): 1256846. DOI: 10.1126/science.1256846 O. Whitney et al. "Core and region-enriched networks of behaviorally regulated genes and the singing genome." Science 346.6215 (2014): 1256780. DOI: 10.1126/science.1256780 R. W. Meredith et al. "Evidence for a single loss of mineralized teeth in the common avian ancestor." Science 346.6215 (2014): 1254390. DOI: 10.1126/science.1254390 Q. Zhou et al. "Complex evolutionary trajectories of sex chromosomes across bird taxa." Science 346.6215 (2014): 1246338. DOI: 10.1126/science.1246338 R. E. Green et al. "Three crocodilian genomes reveal ancestral patterns of evolution among archosaurs." Science 346.6215 (2014): 1254449. DOI: 10.1126/science.1254449 S. Mirarab et al. "Statistical binning improves species tree estimation in the presence of gene tree incongruence." Science 346 (2014): 1250463. DOI: 10.1126/science.1250463 Â. M. Ribeiro et al., A refined model of the genomic basis for phenotypic variation in vertebrate hemostasis. BMC Evol Bio.15, 124. (2015), DOI:10.1186/s12862-015-0409-y M. Chakraborty et al., Core and Shell Song Systems Unique to the Parrot Brain. PLoS ONE (2015). DOI:10.1371/journal.pone.0118496 G. Zhang, Genomics: Bird sequencing project takes off. Nature 522, 34 (2015). DOI:10.1038/522034d K. Nadachowska-Brzyska, C. Li, L. Smeds, G. Zhang, H. Ellegren, Temporal Dynamics of Avian Populations during Pleistocene Revealed by Whole-Genome Sequences. Current Biology 25, 1375 (2015). DOI:10.1016/j.cub.2015.03.047 J. Zhang, C. Li, Q. Zhou, G. Zhang, Improving the ostrich genome assembly using optical mapping data. GigaScience 4, 24 (2015). DOI: 10.1186/s13742-015-0062-9 E. D. Jarvis et al., Phylogenomic analyses data of the avian phylogenomics project. GigaScience 4, 1 (2015). DOI:10.1186/s13742-014-0038-1 L. Eöry et al., Avianbase: a community resource for bird genomics. Genome Biol. 16, 21 (2015). DOI:10.1186/s13059-015-0588-2

    专利发明:

    主要参加机构:该联盟的领导者包括华大基因国家基因库张国捷研究员、中国科学院北京动物研究所雷富民研究员、哥本哈根大学Tom Gilbert教授和Carsten Rahbek教授、杜克大学Erich Jarvis教授和史密森学会Gary Grave研究员。该国际联盟的相关参与机构和合作者详细列表已公布在B10K项目网站上http://b10k.genomics.cn/。

    资助来源:

    更多信息:

  • 1KITE

    项目简介:2014年11月7日,由来自中国深圳华大基因、国家基因库、德国波恩Alexander Koenig博物馆和美国罗格斯大学等来自10个国家近20家单位的超过100名科研人员构成的国际“千种昆虫转录组进化”(1KITE, www.1kite.org)研究联盟经过近四年的攻坚合作,依托新一代测序平台所产生的海量数据以及新颖的分析方法,正式宣布成功构建迄今最可靠的昆虫系统演化树。

    期刊文献:Misof B, Liu S, …, Zhou C, et al. Phylogenomics resolves the timing and pattern of insect evolution.Science,2014, 346(6210): 763-767.

    专利发明:

    主要参加机构:国际“千种昆虫转录组进化”(1KITE)研究联盟是由来自华大基因、国家基因库的周欣博士、德国波恩Alexander Koenig博物馆的Bernhard Misof教授和美国罗格斯大学的Karl Kjer教授共同发起并领导的项目联盟。

    资助来源:

    更多信息: